Это особенность двигателя 3.0 TDI после выключения зажигания дергаться(происходит все через раз, иногда все гуд )?Или нужно поменять свечи?
Сначала сделать диагностику и посмотреть ошибки. Обратить внимание на работу ДЗ в момент остановки двигателя, она должна закрываться полностью, чтобы двигатель останавливался мягко.