Slave и штатка никак не связаны, отключая штатку - убиваете тревоги при закрытом авто, не более того. Открытие замков по зажиганию лечится например тупо - система "включила зажигание" и сразу после этого дала команду на запирание дверей - вряд ли кто-то будет стоять и ловить эту секунду пока оно открыто, либо (муторно, хотя тоже решается) - ходить во все двери (или только в одну если включена разделка и оно отпирает только дверь водителя) и убивать отпирание дверей физически, либо смотреть на подробности подключения того же фортиновского модуля, например на ку5 он только снимает сейф при запуске, но не отпирает двери как таковые, а после окончания запуска можно активировать штатку обратно