На педали сцепления есть лягушка (как на педали тормоза). Проверь её работоспособность. Я где то уже сталкивался с подобными симптомами и в том случае была виновата именно эта лягушка. Она как то корректирует работу двигателя при выжимке сцепления.
Она вроде не даёт ошибок она тупо замыкает и размыкает. Попробуй снять и тестором просто на замыкание-размыкание проверь. Я попробую найти эту темку сейчас. там также новую поставили и не было результата и копали везде пока пробно не поставили с разборов б.ушную.
Вот симптомы похожие на ваши.Виновата была лягушка. Поставил датчик, прокатился.Пропали рывки при переключении передач и при отпускании педали газа машина перестала носом клевать, а я судя по всему с неисправным года 2 ездил. Нашёл тему вот почитай https://www.drive2.ru/l/288230376152303890/
На наших машинах концевик на педали сцепления используется для круиза (он отключается при нажатии на тормоз, либо сцепление). По схемам больше ни с чем он не соединяется -только с блоком управления круизом.
Вы поставили за место вариатора мкпп и что может не до конца состыковали или не прописали. Если вы уверены что она работает 100% то я тогда стою в сторонке !
Порылся в схемах. Похоже, что концевик на педали сцепления не только на круиз идет. Попробуй его просто отрегулировать, чтоб замыкал при нажатии на педаль. У меня, например, крепление хлипкое. Приходится раз в год датчик к педали придвигать, иначе круиз думает, что педаль все время нажата. Хм. Теперь я сам задумался, может на моей старушке мозги тоже этот параметр контролируют... Тоже клевки при переключении есть. Да и круиз давно не включал...