Была у меня аналогичная проблема с дверью пассажирской, без обшивки двери закрывалась идеально, а с ней приходилось хлопать сильно и торчало сильно, по первости на обшивку с резинками пинял, но потом таки по многочисленным советам начал регулировать рамку и все прошло. Регурировал так: мелом забелил резинку и аккуратно и постепенно прижимая дверь узнавал где, как и на каком этапе начинает прижиматься резинка, прижиматься она должна не сильно и самое главное равномерно - это главное в нормальном закрытии. Попробуй такой же метод с мелом, узнаешь где и как прижимается и на сколько сильно
Чтобы убрать зазор № 2 опять же все ослабляем и болтами которые крепят петли к крышке выравниваем крышку в проеме(так что бы слева и справа по крылу была ровная линия и не выходила за уровень крыла сзади). Потом все остальное. Упоры пластиковые регулирую вертикальное и проемное расположение крышки. Если у нас например одна сторона багажника сохраняет все линии кузова, а вторая немного опущенна(поднята) исправляем этим пластиковым упором.