Рискну предположить что заслонки климата требуют адаптацию, мол из за частого использования автоматического режима они застаиваются и тд.
Ещё слышал что на ВАГ'ах есть режим такой что при выкл зажигания или постановке на охрану заслонки или закрывают/открывают приток воздуха с улицы в авто или просто на лобач, точно не знаю! Может эта опция каким-то образом отвалилась или не совсем работает.
Сам проверь - дел на 5 минут. Вытащи салонный фильтр и посмотри, в каком положении стоят жалюзи (заслонка) притока воздуха в салон. Если не включена рециркуляция - заслонка полностью открыта должна быть. Второй вариант - не работает кондер, не осушивает воздух (когда нажат Econ - также стекла потеют).